Паразитологическая коллекция (ранее Центральный гельминтологический музей) Института паразитологии имени К.И. Скрябина  представляет собой хранилище одной из крупнейших в России коллекции гельминтов, пополнявшееся на протяжении столетия, начиная со сборов К.И. Скрябина, Н.А. Холодковского, В.А. Догеля и до наших дней. 

В настоящее время Паразитологическая коллекция находится в составе лаборатории биологии и биологических основ профилактики и хранит около 130 000 препаратов, охватывает свыше 2000 видов гельминтов более чем от 700 видов животных и человека. 

Коллекция разделена на три части: 

1. основной фонд - он включает 24 143 единицы хранения;
2. демонстрационный фонд – 600 макроэкспонатов;
3. резервный фонд – полностью не учтенный.
 
«Золотой фонд» коллекции составляют эталонные экземпляры, являющиеся типами видов, обнаруженных и описанных в нашей стране. Типовые экземпляры имеют особый статус общенаучного достояния. Они являются носителями названий, обеспечивающими объективность в зоологической номенклатуре. Всего типовая коллекция насчитывает 484 экземпляра видов и подвидов гельминтов.
 

Образцы паразитологической коллекции служат банком научной информации и основой для проведения фундаментальных и прикладных научных исследований, проводимых сотрудниками ВНИИП. 
  
В 2019 году сотрудниками лаборатории биологии и биологических основ профилактики – Хрусталевым Александром Валерьевичем и Москвиным Александром Сергеевичем получено Свидетельство о регистрации базы данных «Электронный каталог паразитологической коллекции Института паразитологии животных и растений ФНЦ ВИЭВ РАН». 
База данных представляет собой электронный каталог и информационно-поисковую систему, отражающую основной фонд паразитологической коллекции и является результатом многолетнего труда сотрудников гельминтологического музея и лаборатории биологии. Элементом базы данных является единица хранения – препарат, имеющий уникальный каталожный номер: влажный препарат в спирте или формалине, смонтированный на стекле микропрепарат, либо демонстрационный макропрепарат.
Для каждой единицы хранения указаны основные (обязательные) сведения: вид паразита, вид хозяина, локализация, географическое место обнаружения, дата и автор сбора, дата и автор определения; дополнительные сведения: принадлежность вида к высшим таксонам, количество особей, стадия развития паразита, пол, возраст хозяина и т. д.; техническая информация: состояние сохранности, дата смены фиксатора и т. д.
База данных используется для организации учета хранения и пополнения фондов коллекции, а также предоставляет возможность получения и систематизации фаунистической и таксономической информации, основанной на материалах фонда. Для работы с базой данных разработан оригинальный интуитивно понятный интерфейс, обеспечивающий широкие возможности поиска и облегчающий корректное заполнение базы данных.