Институт является головным и координирует НИОКР по ветеринарной паразитологии в России и странах СНГ. Имеется Координационный совет по ветеринарной паразитологии, куда входят ведущие ученые от Российской Федерации (31 человек) и стран СНГ (5 человек). Председателем совета является член-корреспондент РАН Успенский А.В.
Координация ведется по «Межведомственной координационной программе фундаментальных и приоритетных прикладных исследований по научному обеспечению развития АПК Российской Федерации на 2011-2015гг.», по проблеме 08 «Изучить молекулярно-биологические механизмы развития особо опасных и наиболее распространенных и социально-значимых болезней животных, усовершенствовать существующие и разработать новые методы, средства, технику и технологии их диагностики, лечения и профилактики для получения продукции и сырья животного происхождения высокого санитарного качества и сохранения экологической безопасности».
В рамках координируемых НТП проведены фундаментальные и приоритетные прикладные исследования по изучению закономерности формирования паразитарных систем и отдельных их компонентов в условиях естественных и сельскохозяйственных биоценозов, биологических и генетических характеристик возбудителей паразитарных болезней, созданию нового поколения диагностикумов и комплексных средств защиты животных.
Помимо научных исследований исполнителями координационных НТП оказывалась постоянная научно-методическая и практическая помощь ветеринарной службе и специалистам сельского хозяйства республик, краев и областей по профилактике и борьбе с паразитарными болезнями животных.